Nel 1467, i buonomini dei Ceppi decisero di “acconciare, accresce e rinovare la casa del detto ceppo insino al canto di Piero di ser Naldo intorno intorno, al pari della casa vecchia et questo per utilità del detto Ceppo e per di ornamento della terra di Prato” (Archivio di Stato di Prato, Ceppi, 394, c. 46).
Sul lato di via Rinaldesca fu realizzata, probabilmente nel Seicento, una loggia su colonnine tuscaniche in pietra serena. Il cambio di destinazione degli spazi e le suddivisioni realizzate attraverso tramezzi rispondevano alla nuova funzione che aveva assunto il palazzo dopo l'istituzione dei Ceppi. L'ente di beneficenza, tra il Cinquecento e il Settecento, elargiva denaro per il vitto e per l'acquisto di strumenti da lavoro e, nel palazzo, considerato il granaio di Prato, già dal 1589 avveniva anche la distribuzione del pane, fino ad allora effettuata nei monasteri: nel 1713 i Ceppi arrivarono a distribuire pane in città a circa 2.700 persone su una popolazione di 6.000 individui e assistevano nel contado circa 2.000 persone su 9.000.